科学技術庁長官（かがくぎじゅつちょうちょうかん）は科学技術庁の長である国務大臣。
国務大臣ではあるが、あまり利権ポストに絡むことも少ないため、伴食大臣とみなされることが多かった。
また原子力などエネルギー問題に絡み、注目されることがあった。
| 国務大臣科学技術庁長官（総理府） | |||
| 1 | 正力松太郎 | 第3次鳩山内閣 | 1956年5月19日-1956年12月23日 北海道開発庁長官兼任 |
| 事取 | 石橋湛山 | 石橋内閣 | 1956年12月23日 内閣総理大臣が事務取扱 |
| 2 | 宇田耕一 | 石橋内閣 | 1956年12月23日-1957年2月25日 経済企画庁長官兼任 |
| 3 | 第1次岸内閣 | 1957年2月25日-1957年7月10日 経済企画庁長官兼任 |
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| 4 | 正力松太郎 | 第1次岸内閣 | 1957年7月10日-1958年6月12日 国家公安委員会委員長兼任 |
| 5 | 三木武夫 | 第2次岸内閣 | 1958年6月12日-1958年12月31日 経済企画庁長官兼任 |
| 事代 | 高碕達之助 | 第2次岸内閣 | 1958年12月31日-1959年1月12日 国務大臣（通商産業大臣）が事務代理 |
| 6 | 第2次岸内閣 | 1959年1月12日-1959年6月18日 通商産業大臣兼任 |
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| 7 | 中曽根康弘 | 第2次岸内閣 | 1959年6月18日-1960年7月19日 |
| 8 | 荒木萬壽夫 | 第1次池田内閣 | 1960年7月19日-1960年12月8日 文部大臣兼任 |
| 9 | 池田正之輔 | 第2次池田内閣 | 1960年12月8日-1961年7月18日 |
| 10 | 三木武夫 | 第2次池田内閣 | 1961年7月18日-1962年7月18日 |
| 11 | 近藤鶴代 | 第2次池田内閣 | 1962年7月18日-1963年7月18日 |
| 12 | 佐藤榮作 | 第2次池田内閣 | 1963年7月18日-1963年12月9日 北海道開発庁長官兼任 |
| 13 | 第3次池田内閣 | 1963年12月9日-1964年6月29日 北海道開発庁長官兼任 |
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| 事取 | 池田勇人 | 第3次池田内閣 | 1964年6月29日-1964年7月18日 内閣総理大臣が事務取扱 |
| 14 | 愛知揆一 | 第3次池田内閣 | 1964年7月18日-1964年11月9日 文部大臣兼任 |
| 15 | 第1次佐藤内閣 | 1964年11月9日-1965年6月3日 文部大臣兼任 |
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| 16 | 上原正吉 | 第1次佐藤内閣 | 1965年6月3日-1966年8月1日 |
| 17 | 有田喜一 | 第1次佐藤内閣 | 1966年8月1日-1966年12月3日 文部大臣兼任 |
| 18 | 二階堂進 | 第1次佐藤内閣 | 1966年12月3日-1967年2月17日 北海道開発庁長官兼任 |
| 19 | 第2次佐藤内閣 | 1967年2月17日-1967年11月25日 北海道開発庁長官兼任 |
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| 20 | 鍋島直紹 | 第2次佐藤内閣 | 1967年11月25日-1968年11月30日 |
| 21 | 木内四郎 | 第2次佐藤内閣 | 1968年11月30日-1970年1月14日 |
| 22 | 西田信一 | 第3次佐藤内閣 | 1970年1月14日-1971年7月5日 北海道開発庁長官兼任 |
| 23 | 平泉渉 | 第3次佐藤内閣 | 1971年7月5日-1971年11月16日 |
| 24 | 木内四郎 | 第3次佐藤内閣 | 1971年11月16日-1972年7月7日 |
| 25 | 中曽根康弘 | 第1次田中内閣 | 1972年7月7日-1972年12月22日 通商産業大臣兼任 |
| 26 | 前田佳都男 | 第2次田中内閣 | 1972年12月22日-1973年11月25日 |
| 27 | 森山欽司 | 第2次田中内閣 | 1973年11月25日-1974年11月11日 |
| 28 | 足立篤郎 | 第2次田中内閣 | 1974年11月11日-1974年12月9日 |
| 29 | 佐々木義武 | 三木内閣 | 1974年12月9日-1976年9月15日 |
| 30 | 前田正男 | 三木内閣 | 1976年9月15日-1976年12月24日 |
| 31 | 宇野宗佑 | 福田赳夫内閣 | 1976年12月24日-1977年11月28日 |
| 32 | 熊谷太三郎 | 福田赳夫内閣 | 1977年11月28日-1978年12月7日 |
| 33 | 金子岩三 | 第1次大平内閣 | 1978年12月7日-1979年11月9日 |
| 34 | 長田裕二 | 第2次大平内閣 | 1979年11月9日-1980年7月17日 |
| 35 | 中川一郎 | 鈴木内閣 | 1980年7月17日-1982年11月27日 |
| 36 | 安田隆明 | 第1次中曽根内閣 | 1982年11月27日-1983年12月27日 |
| 37 | 岩動道行 | 第2次中曽根内閣 | 1983年12月27日-1984年11月1日 |
| 38 | 竹内黎一 | 第2次中曽根内閣 | 1984年11月1日-1985年12月28日 |
| 39 | 河野洋平 | 第2次中曽根内閣 | 1985年12月28日-1986年7月22日 |
| 40 | 三ッ林弥太郎 | 第3次中曽根内閣 | 1986年7月22日-1987年11月6日 |
| 41 | 伊藤宗一郎 | 竹下内閣 | 1987年11月6日-1988年12月27日 |
| 42 | 宮崎茂一 | 竹下内閣 | 1988年12月27日-1989年6月3日 |
| 43 | 中村喜四郎 | 宇野内閣 | 1989年6月3日-1989年8月10日 |
| 44 | 斎藤栄三郎 | 第1次海部内閣 | 1989年8月10日-1990年2月28日 |
| 45 | 大島友治 | 第2次海部内閣 | 1990年2月28日-1990年12月29日 |
| 46 | 山東昭子 | 第2次海部内閣 | 1990年12月29日-1991年11月5日 |
| 47 | 谷川寛三 | 宮澤内閣 | 1991年11月5日-1992年12月12日 |
| 48 | 中島衛 | 宮澤内閣 | 1992年12月12日-1993年6月18日 |
| 事取 | 宮澤喜一 | 宮澤内閣 | 1993年6月18日-1993年6月21日 内閣総理大臣が事務取扱 |
| 49 | 渡辺省一 | 宮澤内閣 | 1993年6月21日-1993年8月9日 |
| 50 | 江田五月 | 細川内閣 | 1993年8月9日-1994年4月28日 |
| 事取 | 羽田孜 | 羽田内閣 | 1994年4月28日 内閣総理大臣が事務取扱 |
| 51 | 近江巳記夫 | 羽田内閣 | 1994年4月28日-1994年6月30日 |
| 52 | 田中眞紀子 | 村山内閣 | 1994年6月30日-1995年8月8日 |
| 53 | 浦野烋興 | 村山内閣 | 1995年8月8日-1996年1月11日 |
| 54 | 中川秀直 | 第1次橋本内閣 | 1996年1月11日-1996年11月7日 |
| 55 | 近岡理一郎 | 第2次橋本内閣 | 1996年11月7日-1997年9月11日 |
| 56 | 谷垣禎一 | 第2次橋本内閣 | 1997年9月11日-1998年7月30日 |
| 57 | 竹山裕 | 小渕内閣 | 1998年7月30日-1999年1月14日 |
| 国務大臣科学技術庁長官（総理府）・文部大臣 | |||
| 58 | 有馬朗人 | 小渕内閣 | 1999年1月14日-1999年10月5日 |
| 59 | 中曽根弘文 | 小渕内閣 | 1999年10月5日-2000年4月5日 |
| 60 | 第1次森内閣 | 2000年4月5日-2000年7月4日 | |
| 61 | 大島理森 | 第2次森内閣 | 2000年7月4日-2000年12月5日 |
| 62 | 町村信孝 | 第2次森内閣 | 2000年12月5日-2001年1月5日 |
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